氣相色譜分析室：主要是對容易轉化為氣態而不分解的液態有機化合物及氣態樣品的分析。

 

  儀器設備主要有氣相色譜儀，具有計算機控制系統及數據處理系統，自動化程度很高，對有機化合物具有高效的分離能力，所用載氣主要有：H2、N2、Ar、He、CO2等。但對高沸點化合物，難揮發的及熱不穩定的化合物、離子化合物、高聚物的分離卻無能為力。

 

  要求局部排風及避免陽光直射在儀器上，避免影響電路系統正常工作的電場及磁場存在，一般設計全鋼通風柜、全鋼實驗臺、儀器臺、萬向排氣罩、電腦臺、邊臺、洗滌臺、試劑柜等。

 

  相色譜分析室：主要體現在高效率分離，對復雜的有機化合物分離制取純凈化合物，定量分析和定性分析。

 

  儀器設備主要有：高效液相色譜儀，適宜于高沸點化合物、難揮發化合物、熱不穩定化合物、離子化合物、高聚物等，彌補氣相色譜儀的不足。

 

  質譜分析室：主要是對純有機物的定性分析，實現對有機化合物的分子量、分子式、分子結構的測定。

 

  質譜儀是利用電磁學的原理，使物質的離子按照基特征的質荷比來進行分離并進行質譜分析的儀器，缺點是對復雜有機混合物的分離無能為力。

 

  樣品處理室：一般有洗滌臺、實驗臺、通風柜等設備，同化學實驗室類似。

 

  潔凈實驗室：主要是通過人為的手段，應用潔凈技術實現控制室內空氣中塵埃、含菌濃度、溫濕度與壓力、以達到所要求的潔凈度、溫濕度和氣流速度等環境參數。